故事发生在“蜘蛛侠”打败“绿色恶魔”的两年后，彼得8226帕克远离自己挚爱的女友玛丽8226简，继续过着平淡而充满刺激的双重生活，白天他依旧是温文尔雅、有些木讷的大学生，晚上则化身成为拥无限超人力量、除暴安良的蜘蛛侠。不过彼得8226帕克却越来越难以平衡这种双重性格，周围的人开始怀疑他的身份，甚至很多人对其开始猜疑和误解，连一向慈祥的阿姨对他的异常举动也显出一份惊讶和不安……彼得8226帕克一直生活在矛盾中，他希望向玛丽表白自己的爱恋，更希望能够跟她坦诚自己的真实身份。另外，彼得发现好友哈里8226奥斯本对蜘蛛侠杀了他的父亲，一直耿耿于怀，身陷仇恨，不可自拔6奥斯本对蜘蛛侠杀了他的父亲，一直耿耿于怀，身陷仇恨，不可自拔…… 与此同时，一位被称为“章鱼博士”的天才科学家，为了让自己可以在安全距离内研究有辐射的能料，在自己的背后安装了四只长长的机械手，做起实验来方便不少，但是不料一场基因突变实验失败之后，这四只机械手就永久固定在他的背后，盘根错节，眼花缭乱。而那场失败的实验也使得“章鱼博士”的性格变得偏激和疯狂，为了夺取权力和钱财，“章鱼博士”耍出各种手段，让他成为令蜘蛛侠最头疼...